很多人知道澳门大三巴，但是不一定都知道大三巴里面其实还有个博物馆，博物馆里还陈列了一些人的骸骨。
踩着玻璃楼梯进入大三巴的下沉式博物馆之前，会先间地下圣堂墓室（纳骨堂）室，入口是一扇需要访客自己动手推开的黑色大门。进入这里需要保持安静肃穆，因为原本这里是一处墓穴。
地下圣堂墓室中央镶嵌在墙壁北面的箱子里存放有300多年历史的教徒遗骨(不公开）,墙壁两侧放在玻璃柜里的人骨（公开）,是73名日本和越南殉教者的遗骨。
虽然骨头都是货真价实的人骨，但可能为了不让参观者感到害怕，貼偻头骨都没拿出来陈列，只能看到一枚头盖骨，其他基本都是大腿骨和小腿骨。
部分人骨其实来自于日本。1637年，日本正处于江户幕府时期，这一年爆发了“岛原之乱”，这是日本九州岛原半岛和天草岛的农民与天主教徒与执政的江户幕府之间爆发的剧烈冲突，因为这场冲突具有反对压迫的性质，所以又称“岛原起义”或“天草起义”，有兴趣的可以查一下相关史料。在这场起义中殉难的天主教教徒，一部分人的遗骨被送到了澳门，安葬在澳门圣保禄教堂。
圣保禄教堂是圣保禄学院的一部分，学院在1594年就开始兴建了，是澳门的一间高等学院，位置就在现在的澳门炮台山西北山麓。
而圣保禄教堂建于1637年，是当时东方最大的天主教堂，但是1835年，一场大火烧毁了圣保禄教堂，火灾后残留的教堂前壁就是现在的“大三巴牌坊”，而当时残留的地基，就藏在博物馆玻璃楼梯下以及大三巴的院内。
在火灾中遇难的教徒遗骨，和更早的日本“岛原之乱”的殉教者遗骨，共同构成了现在大三巴博物馆地下圣堂墓室的人骨陈列。
而参观完圣堂墓室后，下一步将进入天主教艺术博物馆，而这里将是另一番瑰丽景象。
