毫无疑问，在明清思想史的书写中，孙奇逢被严重忽视了。而这或许与他所选择的学术路径有关。明清易代之际，顾炎武倡导理学即经学的理念，开一代之风气；黄宗羲极具批判精神，又是浙东史学的奠基者。相比之下，孙奇逢仍然固守旧的营垒。他服膺于王学的直截了当，在王学成为众矢之的的语境中，坚持为王学辩护。在他看来，传阳明者失阳明，晚明士人背离了阳明的修养功夫，以至于空疏无当。当务之急是扎扎实实地践履功夫，把孔孟之道落实到日用伦常之中。这种学术路径在求新求异的思想史书写中本来就不受重视，他为思想史家所忽视也就在情理之中了。
然而，“学而时习之”，儒学本身就是注重道德践履的学问。明末的学术恰恰偏离了这一方向，二百多年理学濡染之后，知识界却充斥着空疏与褊急，全无儒家的雍熙中和之气，明代的理学实践很大程度上是失败的。面对明末的虚浮和乖戾，孙奇逢以道统自任，力图把儒学重新拉回到笃实躬行的正途，再现儒家的仁爱中和气象。
针对明末学风的虚浮，孙奇逢纠之以笃实。“不离日用常行内，直造天地未画前”，高远即卑近，下学即上达，吃饭穿衣皆是天理的表现。“日用间，凡行一事，接一人，无有不当理中情之处，此所谓道也，即所谓学也”（《夏峰先生文集》卷十四）。孙奇逢常说：“讲得一丈，不如行得一尺。”他一方面推行礼制，在日用布帛菽粟间笃实践行孔孟之道，另一方面，反对坐而论道，反对空谈性命。当时任职卫辉的工部主事田本沛邀请孙奇逢讲学于百泉书院，远近世子也都应召而至，翘首以盼。孙奇逢却拒绝了这一邀请，并去信说：“病在多讲！孝悌力田，人人俱足，只躬行二字，终身不能尽，多一讲说，便生枝节，枝节生而伪学起矣。”（《孙征君日谱录存》卷十六，以下简称《日谱》）师徒数人不定期地相聚一室，从容论道，这才是他推崇的讲学方式。孙奇逢还强调士人要会办事，批评“平居谈心性，遇事便束手”的腐儒曲士，说他们“足为理学之诟厉”。他曾率领乡党士人避难五公山，一边弦诵不已，不废诗书；一边论兵习武，抵挡满洲铁骑的进攻，并保全了五千多人的性命。于此可见他的为学路径。
针对明末风气的乖戾，孙奇逢纠之以宽和。学派纷争，由来已久，延及清初，尊程朱而诋陆王几乎成为理学的主色调。对此，孙奇逢不去争辩，而是以躬行实践来统合各派，显示出博大的胸襟和气魄，这从他和魏裔介的交往中可见一斑。魏裔介是朝中重臣，他批评王阳明“流于天竺之学而不自知”，在给孙奇逢的信中质疑：“心性一也。谓‘无善无恶者心之体’，亦可曰‘无善无恶者性之体’乎？若曰‘无善无恶者性之体’，是又一告子也。”（《兼济堂文集》卷九）这同孙奇逢的观点鲜明对立。孙奇逢曾为阳明“无善无恶心之体”辩解说：心是心，性是性。但孙奇逢对魏氏此说亦不予驳斥，反而说“于此正见柏乡公定力”，肯定其学有所得。他进而强调：“真实理会做工夫，（两派）有何不同？”将学问之道引向躬行践履的实际功夫。魏裔介辑《圣学知统录》《圣学知统续录》，与孙奇逢《理学宗传》的取舍标准大相径庭，但孙奇逢并未苛求，而是以前辈学者的身份对他多有鼓励，说该书“穷理尽性至命，一以贯之”。他把魏裔介比作元初的许衡、姚枢，以孔孟之道相鼓励，以化夷为夏相期许（《日谱》卷二十七）。其胸襟和气度使魏裔介大受感动，称他“翔于千仞，卓然高品”。在他去世之后，魏裔介为他撰写本传，表达了对他的仰慕之情，原本的门户之争早已消融在他的宽容之中了。
孙奇逢对宽和的践履还体现在他对节侠的反思上。他曾积极参与营救东林党人的活动，节侠之名满天下。然而，痛定思痛，孙奇逢认识到自己和东林党人的好名、争胜与浮躁。他沉痛地说：“小人不足深咎，吾深为攻小人者惜之。天启时，珰祸之惨，亦诸正人激成之。”（《日谱》卷三十五）何以言此？“大臣当国，须有一段沉深博大之气，不止容君子，并能容小人。不止容小人，并能化小人为君子，才是圣贤心肠，豪杰作用。轻分门户，先横己见……仁人君子有教养之责，俱宜念之”（《日谱》卷十一）。孙奇逢待人宽容，虽然自己崇尚气节多次拒绝新朝征召，但对薛所蕴、刘余佑等出仕新朝的官员都宽容相待，毫无苛责鄙夷之意。
“规模宜宽大，处事宜平和”，这是孙奇逢对儿孙的教诲，也是自勉。宽和之中饱含仁爱，对待家人自不必说，对待乡邻也无不如此。他离家南下时，“族党门人相从者数十家”，常以野菜充饥，困苦异常。后来，卫河使马光裕以辉县夏峰村田产无偿相赠。这处庄园有良田一百多亩，足以使孙家过上富足的生活，但他却把田地分给了相随的族人和门人，使大家免遭饥饿冻馁之患。时人张凤翔说他“与人臣言忠，与人子言孝，与人弟言悌，望者以为高洁不可及，而即之甚恭而温，油油然有万物一体、满街皆圣人之意”（《孙夏峰先生年谱》卷下）。正是这样的宽和仁爱，孙奇逢儿孙绕膝，乡邻亲和，士人远来，营造出一片中和之境。
“喜怒哀乐之未发，谓之中，发而皆中节，谓之和。中也者，天下之大本也，和也者，天下之达道也，致中和，天地位焉，万物育焉。”中和是儒学的核心概念和价值追求。宋明理学家虽然对中和的概念多有辩难，但孙奇逢的兴趣则不在于悬空的冥思，而在于从实践层面上如何把握喜怒哀乐未发之中，如何做到发而中节之和，从而构建一个宽和雍睦的社会。在其致中和的实践中，有两点值得注意。其一，时中与权变。先贤把“中”解释为“不偏不倚”，“无过与不及”，问题是如何在复杂多变的现实生活中找到“中”，这需要原则性和灵活性的结合，是难之又难的。譬如说，不结交官府是古代对乡绅的道德要求，但孙奇逢同朝中重臣魏裔介、魏象枢书信往来不断，又是驻卫辉的工部卫河使、卫辉知府、通判、知县的座上宾。有人就此提出质疑，孙奇逢的解释是：“诸君子自欲敦长幼之节，奈何自甘枯槁，而阻人为善乎？我闻日行一善事，或转一人为善，便是报答穹苍之实，能转一贵人为善，其所关系更大。傲然以高洁自处，而谓人不足当一盼者，非仲尼之徒也。”（《日谱》卷十二）此乃“中非胶于一辙也，一时有一时之中，一时有一时之和”（《日谱》卷十八）。为弘扬理学，就要抓住官员这个关键群体，而不能拘泥于陈规，“一切是非毁誉，付之罔闻”。其二，坚持不懈的慎独功夫。他为学“以慎独为宗”，“时时提醒，朝乾夕惕”，于日用饮食间笃实践履，力求喜怒哀乐发而中节。虽耄耋之年，仍毫不懈怠，“学人要日日有愤焉求进之意，方免于堕落。一有悠忽，便成苟安”（《日谱》卷二十四）。这是他对门人的勉励，也是自勉。他说自己“七十岁工夫较六十岁而密，八十岁工夫较七十而密，九十工夫较八十而密”（《夏峰先生集》卷首），正是在不懈追求中，日有进益，逐渐接近中和之境。
