目前虽没有研究资料证实依曲替酸有直接抗HPV作用，但很多文献报告认为口服依曲替酸或依曲替酯对多发、巨大疣有显著疗效。依曲替酸可能通过以下机制发挥对疣治疗作用。
1、依曲替酸具有调节表皮细胞分化和增殖作用：抑制表皮细胞的终末分化，缩小表皮细胞的体积。改变角元蛋白的合成方式，抑制细胞膜的形成，影响膜蛋白的合成。能减少表皮细胞角蛋白前身物的量，并使桥粒缩小、发育不良，从而减弱角层细胞粘着力，使角质变薄而抑制角化。经数周治疗后，表皮可恢复正常，出现正常角化的上皮，轻度棘层肥厚，细胞内张力微丝、细胞间桥、角化小粒均恢复正常。
2、依曲替酸具有抗增生、抗肿瘤的作用：可中止、抑制、甚至可使癌细胞逆转。可抑制作为肿瘤发展特征的鸟氨酸脱羧酶的活性（此酶参与生成聚胺）。还可直接抑制化学致癌物的活性，增强生理性自身修复能力。通过进入细胞，在细胞内与受体结合，形成维甲酸—受体复合物，这种复合物又与DNA中的特异性因子结合，通过靶基因表达，从而修饰分化过程，优先允许正常表皮分化，抑制发育异常的表皮细胞。使恶性肿瘤细胞转化成较成熟细胞。
3、依曲替酸具有调节免疫作用：能使皮损中已减少的朗格汉细胞数目增加； 激活巨噬细胞； 辅助抗体产生；增强同种异体排斥反应。
